综合室主要包含样品室、天平室、高温室、档案室、分析室、沉积物前处理室等五部分。具有样品的储存，样品称重、样品烘干、CMA档案和原始数据记录的储存、生化培养、海水有机碳分析、沉积物CHNS元素分析、沉积物的冷冻干燥、研磨、压片、熔样等功能。

主要仪器有：研磨机、压片机、熔样机、冷冻干燥机、球磨机、电子天平、烘箱、生化培养箱、有机碳分析仪、元素分析仪。