仪器分析室主要包含电感耦合等离子体质谱仪、电感耦合等离子体光谱仪、全自动营养盐分析仪、气相色谱质谱联用仪、液相色谱质谱联用仪、紫外可见分光光度计、原子荧光分光光度计、荧光分光光度计等大型仪器。主要用于环境样品油类、叶绿素、营养盐、重金属、主量元素、微量元素（含稀土元素）、666、DDT、多氯联苯、多环芳烃等有机物的检测。

主要仪器有：全自动化学分析仪（Clever chem/anna）、气相质谱联用仪（安捷伦8890-5977B）、液相质谱联用仪（安捷伦1290-6470B）、电感耦合等离子体光谱仪（PE Avio550）、电感耦合等离子体质谱仪（PE NexION 1000G）、紫外可见分光光度计（普析TU-1901）、原子荧光分光光度计（普析PF5）、荧光分光光度计（上海棱光F96pro）